《匿名代码》是由「科学冒险ADV系列」制作团队精心打造，与催生出全球热卖突破100万套的经典《命运石之门》系列、创作出奠基于科学写实且不受现实侷限的无数科幻冒险名作的企划原案志仓千代丸，一同联手在此献上电子数位娱乐的颠峰之作。
故事舞台为2037年的东京・中野。主角高冈步论与好友弓川十字搭档从事着骇客工作，在这片自2036年2月6日的世界级巨大灾害「哀伤之晨」中倖存之地生活。
在这样的日子里，某天出于一些琐碎细故，步论脱口跟大家宣告说他约好了要与人「私奔」，但其实根本只是信口胡说。没想到，原本预期不会有人出现的步论，却在会合地点邂逅了一位神祕少女「桃」。
随后，神秘的袭击者紧追着桃现身。
正当步论与桃上演着绝地大逃亡之际，他取得了一个神祕的应用程式「存档＆读档」，获得能像电玩游戏那样将特定时刻存档重新来过的能力，两人也因此逃出了生天。然而，这一切却只不过是连串事件的开端……
神秘的天才骇客「Cicada3301」与其抛出的各式无解「任务」；
「垓机关」唤醒了本已冻结的地球模拟器；
以及私下谋划策动的梵谛冈「513圣务室」派出的刺客阵。
在与桃的邂逅之后，步论被捲入了各方错纵的阴谋与企图之中，挺身而出面对撼动整个世界的大事件。
发挥骇客之力与「存档＆读档」等一切之后，方能在彼端看见的真相是？
「骇入」无限分歧的现实世界，「读档」找出拯救世界的结局吧！
这是一段改写未来的「骇客」们的故事。
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